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河流水生态系统管理系统是指以河流流域为管理单元，通过对水资源的管理、水生态环境的保护、水文气象监测等一系列措施，保障河流生态系统的稳定、持续和健康发展的管理系统。该系统包括水资源管理、环境保护、水生态学研究、水文气象监测等多个方面，通过整合不同的资源和数据，制定科学、有效的管理策略，提高河流的水利效益和生态环境的质量，实现可持续发展。
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